实验室的组织架构如下图所示,实验室建立党组织,发挥党组织的政治核心作用,为实验室提供政治和思想保障。实验室拥有独立人事权,依托单位清华大学专门制定关于全国重点实验室的人事制度,系统解决实验室人员包括编制、职称、激励、福利等人事聘任问题。实验室主任专职、全时、全面负责实验室管理工作。
学术委员会和理事会(管理委员会)
清华大学成立校长为理事长的理事会,对实验室重大事项进行决策;设置学术委员会,对实验室发展提出建设性意见和建议,并督促改进;清华大学成立战略咨询专家委员会,为实验室建设发展提出战略建议;清华大学设立实验室专门服务机构,服务实验室建设。